Wystąpił w nim w lidze 28 razy i strzelił 6 bramek, sporo jeśli weźmie się pod uwagę, iż do tego czasu strzelił ich dla Realu zaledwie trzy.
Piątego maja 1999 roku w meczu z Chorwatami w Sewilli (3:1) zadebiutował w reprezentacji Hiszpanii, zmieniając Engongę w drugiej połowie. Nie cieszył się jednak zaufaniem selekcjonera kadry – José Antonio Camacho. Powołania były raczej sporadyczne i na mało ważne mecze towarzyskie.
Drugim ważnym wydarzeniem w życiu Gutiego w 1999 roku był ślub 22 czerwca w kościele Inglesia de Los Jeronimos w Madrycie. Jego wybranką została prezenterka telewizyjna – Arancha Benito. Owocem tego związku są córeczka Zaira oraz syn Aitor.
Tymczasem, w roku 2000 po raz drugi mógł się on cieszyć ze zdobycia Pucharu Mistrzów. Jednakże znów nie dane mu było zagrać w finale, gdyż najpierw w ćwierćfinałach musiał pauzować za jedną z tych czerwonych kartek, otrzymaną w ostatnim meczu grupowym z Rosenborgiem, a następnie przytrafiła mu się kontuzja kostki – ostatecznie w meczu finałowym z Valencią Guti nie zasiadł nawet na ławce rezerwowych. Mało brakowało, a zostałby wtedy zmuszony do opuszczenia Madrytu, gdyż ówczesny dyrektor sportowy Realu – Pirri – wydał o nim niepochlebną opinię. Stwierdził, że Guti nie podchodzi profesjonalnie do zawodu piłkarza i jest niegodny bycia graczem Realu.