Prezes Rady Ministrów podejmuje decyzję o wznowieniu badania i ewentualnej zmianie orzeczenia w sytuacji, gdy:
a) wyjdą na jaw nowe okoliczności lub dowody istotne dla sprawy b) dowody istniejące w dniu wydania orzeczenia nie były mu znane
Decyzję w przedmiocie udzielania informacji o przebiegu i rezultatach badań prowadzonych przez Komisję podejmuje Prezes Rady Ministrów.
Rozporządzenie Ministra Obrony Narodowej z dnia 27 kwietnia 2010 roku zmieniające rozporządzenie w sprawie organizacji oraz zasad funkcjonowania Komisji Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego stało się w 2010 roku przedmiotem analiz ekspertów Biura Analiz Sejmowych.
W dniu 12 czerwca 2017 r. Ministerstwo Obrony Narodowej złożyło zawiadomienie do prokuratury ws. możliwości "popełnienia przestępstwa przeciw działalności instytucji państwowych, wymiarowi sprawiedliwości lub przeciwko wiarygodności dokumentów" w związku z działalnością i raportem końcowym Komisji Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego działającej pod przewodnictwem Edmunda Klicha, a następnie Jerzego MilleraMON składa do prokuratury zawiadomienie w sprawie naruszenia prawa przez „Komisję Millera”.