Bez niego w 5 meczach La Beneamata wygrała tylko raz. Z Nerazzurrimi wiąże go kontrakt roczny, przedłużony w maju 2012, a później w czerwcu 2013.
W 2014 roku Samuel przeszedł na zasadzie wolnego transferu do FC Basel. W październiku 2015 w wywiadzie dla Neue Zürcher Zeitung zapowiedział zakończenie kariery po sezonie 2015/2016.
Kariera reprezentacyjna Jako członek młodzieżowej drużyny przywiózł z Malezji złoty medal młodzieżowych mistrzostw świata. Debiut Samuela w pierwszej kadrze Argentyny miał miejsce 3 lutego 1999 r. w meczu z Wenezuelą, której strzelił swego pierwszego gola dla Albicelestes. Walter Samuel wystąpił w reprezentacji narodowej Argentyny na Copa América 1999, nieudanych mistrzostwach świata w Korei i Japonii w 2002 po których kontuzje spowodowały jego czasową nieobecność w kadrze. Po uporaniu się z nimi wziął udział w Pucharze Konfederacji 2005 oraz w Mistrzostwach Świata w Republice Południowej Afryki w 2010. Ogółem rozegrał w niej 57 spotkań w których zdobył 5 bramek. Po raz ostatni zagrał w niej 11 sierpnia 2010 r. w spotkaniu z Irlandią.