Panowanie Habsburgów thumb|left|Kłodzko w 1737 roku, rycina F.B. Wernera W 1526 r. Kłodzko wraz ze Śląskiem i Czechami przechodzi pod panowanie Habsburgów. Następuje kolejna przebudowa zamku (Lorenz Krischke). Powstaje miejska szkoła humanistyczna (1561 r.), a w 1597 r. gimnazjum jezuickie. W 1597 r. jezuici objęli klasztor poaugustiański. Okres ten naznaczony był konfliktami społeczno-religijnymi związanymi z reformacją. W 1562 r. luteranie stanowili większość mieszkańców Kłodzka, przejmując kościół parafialny. Reformacja przyczyniła się również do upadku klasztorów bernardynów i franciszkanów w mieście. Budynki klasztorne zamieniono na szpitale, a ogrody na cmentarze dla mieszkańców przedmieść.
Na początku wojny trzydziestoletniej Kłodzko opowiedziało się po stronie Fryderyka V, elektora Palatynatu. Obroną dowodził hr. Thurn. W 1622 r. miasto zostało zdobyte przez Austriaków dowodzonych przez hr. Liechtensteina przy użyciu artylerii. Zniszczeniu uległ zamek, który Austriacy postanowili zamienić w twierdzę. Pracami fortyfikacyjnymi kierował w latach 1680–1702 Jakob Carova według projektu Saebischa. W 1624 r. do Kłodzka powrócili jezuici (wygnani w 1618 r.), przejmując kościół parafialny i dokonując jego barokizacji. Budują też w jego pobliżu kolegium i konwikt.