Kanonicy regularni obok joannitów prowadzili w mieście drugą szkołę, słynącą z wysokiego poziomu nauczania, ponieważ realizowała program trivium i quadrivium.
Swoim testamentem Arnoszt z Pardubic (zmarł w 1364 r.) przekazał znaczne sumy na budowę w Kłodzku fary. Budowę prowadzili joannici, którzy na plac Kościelny przenieśli swoją komturię i szkołę. W końcu XIV w. powstał w Kłodzku kamienny most przez Młynówkę, włączony w system obwarowań miejskich, zamknięty dwiema bramami.
thumb|upright|Herb hrabstwa kłodzkiego, którego stolicą zostało Kłodzko w 1468 r. Rozwój Kłodzka został częściowo zahamowany przez wojny husyckie. Husyci w 1428 r. próbowali bezskutecznie zdobyć miasto. Do ponownego ożywienia doszło dzięki królowi Jerzemu z Podiebradów, który ustanowił miasto w 1458 r. siedzibą hrabstwa. Przystąpił on do przebudowy i rozbudowy zamku, w którym w 1472 r. zatrzymał się Władysław Jagiellończyk, zmierzający do Pragi na koronację. Mimo to panowanie Jerzego nie było zbyt pomyślne dla Kłodzka wskutek toczących się wojen z królem Węgier Marcinem Korwinem, którego popierał Wrocław. Za popieranie króla-husyty miasto zostało obłożone interdyktem. Poza tym prześladowały je liczne kataklizmy, takie jak powodzie, zarazy i pożary. W 1475 r.