W roku 1933 teatr został zamknięty, ale po roku znów otwarty pod zarządem hitlerowskiej organizacji Kraft durch Freude.
W roku 1944 budynek teatru został zburzony podczas nalotów bombowych, ocalała jedynie sama sala widowiskowa.
Dzisiejsza Komische Oper od 1947 Projektanci odbudowy mieli do wyboru trzy możliwości: wyburzenie pozostałych ruin i wzniesienie zupełnie nowego obiektu dokładne odtworzenie historycznego budynku z wykorzystaniem ocalałej sali widowiskowej pozostawienie zabytkowej sali widowiskowej i obudowanie jej budynkiem o uproszczonej architekturze.
Zdecydowano się na trzeci wariant. Powstał budynek o prostej, pozbawionej ozdób architekturze, kryjący we wnętrzu XIX-wieczną salę widowiskową. Ostateczny wygląd zawdzięcza teatr przebudowie 1965–1966 według projektu architekta Kunza Nieradego.
Teatr wznowił działalność 23 grudnia 1947 pod dyrekcją reżysera Waltera Felsensteina. Felsenstein zgromadził wielu znakomitych artystów i stworzył nowoczesny teatr muzyczny. Orkiestrą dyrygowali m.in.