W kategorii krajobrazu panoramicznego Altdorfer stworzył jeden z najsłynniejszych widoków pejzażowych, a i swoje najwybitniejsze dzieło, Bitwę Aleksandra Wielkiego z Persami pod Issos (ukończoną w 1529). mały|Bitwa Aleksandra Wielkiego z Persami pod Issos (1529; 158 × 120 cm; olej na drewnie), Stara Pinakoteka, Monachium. Ponadto dzieła Altdorfera mają tematykę religijną, biblijną i historyczną. W zakresie malarstwa ołtarzowego do jego najwybitniejszych dzieł należą obrazy do ołtarza św. Floriana (St. Floriansaltar), obecnie rozproszone po różnych muzeach. Pod koniec życia, jako architekt miejski (Stadtbaumeister) Ratyzbony i radny, podjął się też zleceń architektonicznych i dekoratorskich, do których należały freski w ówczesnym pałacu arcybiskupim, do dziś zachowane jedynie w muzealnych fragmentach.
Dzieła (wybór) Święty Jerzy w lesie, ok. 1510, Stara Pinakoteka, Monachium Odpoczynek podczas ucieczki do Egiptu, 1510, Galeria Malarstwa, Berlin Ukrzyżowanie, 1512, Gemäldegalerie, Kassel Boże narodzenie, ok. 1513, Staatliche Museen, Berlin Męczeństwo św. Floriana, między 1510 a 1519, Muzeum Narodowe, Praga Męczeństwo św. Sebastiana, (fragment ołtarza), ok. 1509-1516, Klasztor św. Floriana, Linz Zmartwychwstanie, ok.