13 lipca 2018 podpisał kontrakt z Liverpoolem. W swoim debiutanckim sezonie dla the Reds zdobył wicemistrzostwo Anglii z rekordowym dorobkiem 97 pkt oraz triumfował w Lidze Mistrzów. Debiut 28 lipca 2018 w meczu towarzyskim z Manchesterem United (wygrany 4:1) okrasił pięknym golem z przewrotki. Shaqiri został bohaterem rozgrywanego 16 grudnia 2018 ligowego meczu z Manchester United, w którym po wejściu z ławki rezerwowych zdobył dwa gole ustalając wynik 3:1. Wystąpił 7 maja 2019 w drugim meczu półfinałowym Ligi Mistrzów z Barceloną. Po przegranym tydzień wcześniej meczu 3:0 na Camp Nou razem z drużyną odrobił straty i Liverpool wygrał rewanżowe spotkanie na Anfield 4:0. Shaqiri asystował przy jednym z trafień Gini Wijnalduma. W sezonie 2018/2019 wystąpił w 30 meczach, zdobył 6 bramek i 5 asyst.
23 sierpnia 2021 dołączył do Olympique Lyon. Zawodnik podpisał trzyletni kontrakt.
Latem 2022 podpisal kontrakt z Chicago Fire.
16 sierpnia 2024 roku, dwa dni po opuszczeniu Chicago Fire, wrócił do FC Basel, podpisując trzyletni kontrakt. Pomógł drużynie z Bazylei zdobyć pierwszy tytuł mistrzowski od 2017 roku, strzelając 18 goli i notując 20 asyst w sezonie 2024–25.