W okresie 1993–2018 Fundacja wydawała półrocznik Studia i Dokumenty Ekumeniczne, którego wydawanie przejęła następnie Chrześcijańska Akademia Teologiczna.
Do 2002 była też wydawcą miesięcznika Przegląd Prawosławny, kiedy to kolejnym wydawcą czasopisma została Fundacja im. Księcia Konstantego Ostrogskiego.
Medal Zasłużony dla Tolerancji Corocznie od 1998 w ustanowionym przez UNESCO 16 listopada Międzynarodowym Dniu Tolerancji Fundacja przyznaje Medale Zasłużony dla Tolerancji. Jest nadawany ludziom kultury, sztuki, politykom, osobom duchownym różnych wyznań, które w sposób szczególny zasłużyły się szerzeniu idei tolerancji. Gale wręczenia nagrody odbywały się między innymi w gmachu Muzeum Niepodległości w Warszawie, Teatru Ateneum, Teatru Żydowskiego w Warszawie.
Wybrani laureaci 1998 – prof. Mikołaj Kozakiewicz, prof. Janusz Tazbir, ks. Roman Indrzejczyk, Redakcja Inforadio, Jerzy Giedroyc, Tomas Venclova 1999 – Jacek Kuroń, Aleksander Małachowski, Andrzej Szczypiorski, Redakcja tygodnika „Jednota”, prof. Rita Süssmuth, Rafael Scharf 2000 – Karol Modzelewski, o. Stanisław Musiał SJ, prof. Ewa Łętowska, prof. Józef Gierowski, o. Wacław Oszajca SJ, Andrzej Adamus (Wydawnictwo Dolnośląskie), Miriam Akavia, Bohdan Stupka 2001 – prof. Barbara Weigl, Józefa Hennelowa, ks.