Mieszkając w Chinach, przystosowywał się do tamtejszych zwyczajów, ubierając się w jedwabne szaty i nosząc długą brodę. Pragnął samemu zostać Chińczykiem, aby móc bardziej oddziaływać na tamtejsze społeczeństwo. Pomysł ten został wstępnie zaakceptowany przez Alessandra Valignana. W połowie lat 80. poznał język chiński na tyle dobrze, że mógł w nim spowiadać, głosić kazania, a także pisać książki. W 1584 roku wydał pierwszą mapę świata w języku chińskim, którą potem uzupełniał. Jako pierwszy dokonał transkrypcji ideogramów i przedłożył Chińczykom kalendarz gregoriański.
Ostatnią profesję zakonną złożył 1 stycznia 1596 roku. W 1601 roku udało mu się spotkać z cesarzem Wanli. W międzyczasie zdał egzamin urzędniczy, dzięki czemu uzyskał stopień literata (chiński odpowiednik bakalaureatu) i został uczonym. Znał się na matematyce, astronomii, geografii, sinologii i literaturze. Dzięki temu zyskiwał posłuch u wpływowych Chińczyków. Jednocześnie uważał, że jedyną metodą na wdrożenie chrześcijaństwa jest zaadaptowanie go do wschodnich realiów, czyli inkulturacja. Z tego powodu zgłębiał konfucjanizm oraz buddyzm. Wprowadził do katolickich obrządków pogrzebowych zwyczaje z konfucjanizmu jak palenie kadzideł czy strój żałobny, co było zwalczane przez zakony franciszkanów i dominikanów.