W 1897 rozdzielono muzeum na oddzielne muzea: geologiczno-paleontologiczne i mineralogiczne.
Zbiory zostały na krótko przed oblężeniem Wrocławia z inicjatywy ówczesnego dyrektora muzeum Kurta Spangenberga w znacznej części ewakuowane z miastaM. Mierzejewski, M. Sachanbiński & Z. Wierzbicki, 2003: Zarys historii nauk mineralogicznych i geologicznych na Uniwersytecie Wrocławskim w latach 1811-1945. W: A. Grodzicki (red.): Historia nauk geologicznych na Uniwersytecie Wrocławskim, strona 26. Wyd. Uniwersytetu Wrocławskiego. ISBN 83-229-2419-4 i ukryte w kościołach w Świerzawie i Strzegomiu. Po roku 1945 udało się odzyskać większość z nich (20 tys. eksponatów), z wyjątkiem kolekcji kamieni szlachetnych, którą zdeponowano nie w kościołach dolnośląskich, a w Berlinie. Jednak ze względów lokalowych dopiero w 1952 zdołano udostępnić publicznie pierwszą, niewielką część kolekcji (700 eksponatów) w nowej siedzibie Instytutu Nauk Geologicznych przy ulicy Cybulskiego 30. Dzięki inicjatywie prof. Kazimierza Maślankiewicza w latach 1964–1966 prowadzono prace budowlane i inwentaryzacyjne mające na celu udostępnienie kolekcji minerałów dla wszystkich zainteresowanych. Muzeum Mineralogiczne zostało otwarte w czerwcu roku 1966. W roku 1985 muzeum otrzymało imię swojego twórcy.