Latem 2005 Michel za kwotę miliona dolarów przeszedł do swojego macierzystego Chivas de Guadalajara. Tam początkowo jego sytuacja nie uległa zmianie – wobec niepodważalnej pozycji między słupkami Oswaldo Sáncheza jedynie podczas jego niedyspozycji pojawiał się na boiskach, występując głównie w drugoligowych rezerwach klubu. W 2006 roku zajął z Chivas drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze, natomiast w jesiennym sezonie Apertura 2006 wywalczył z ekipą prowadzoną przez José Manuela de la Torre jedyne w swojej karierze mistrzostwo Meksyku – zanotował wówczas tylko jeden ligowy występ. Bezpośrednio po tym, wskutek odejścia Sáncheza, został podstawowym golkiperem Chivas, w tej roli w 2007 roku docierając do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF. W wiosennym sezonie Clausura 2008 został natomiast wybrany w oficjalnym plebiscycie Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej najlepszym bramkarzem ligi meksykańskiej.