Ogółem barwy Atlasu reprezentował przez niemal siedem lat, już wówczas będąc uznawanym za jedną z klubowych legend.
Latem 2003 Rodríguez przeszedł do klubu Tecos UAG, również mającego siedzibę w Guadalajarze. Tam z miejsca został kluczowym zawodnikiem zespołu i w wiosennym sezonie Clausura 2005 zdobył jedno z najważniejszych sukcesów w historii drużyny – wicemistrzostwo kraju. Razem z ofensywnym pomocnikiem Danielem Ludueñą miał wówczas największy wpływ na grę Tecos. W kwietniu 2006 udał się na krótkoterminowe wypożyczenie do zespołu Chivas de Guadalajara, w celu wsparcia jej w rozgrywkach Copa Libertadores, lecz za sprawą świetnych występów w tym turnieju zarząd Chivas zdecydował się kilka tygodni później wykupić go na stałe za sumę blisko trzech milionów dolarów. Tam początkowo pełnił rolę podstawowego piłkarza pierwszego składu, lecz nie spełnił pokładanych w nim nadziei i po kilku meczach został relegowany na ławkę rezerwowych. Właśnie w roli rezerwowego w jesiennym sezonie Apertura 2006 zdobył z ekipą trenera José Manuela de la Torre swoje pierwsze mistrzostwo Meksyku. Ogółem w barwach Chivas grał jednak tylko przez pół roku.