W grudniu 1951 został aresztowany, a 28 kwietnia 1952, po brutalnym śledztwie przeprowadzonym w Głównym Zarządzie Informacji, skazany został wyrokiem Najwyższego Sądu Wojskowego, w sprawie tzw. nowego kierownictwa konspiracji wojskowej, na karę śmierci. 20 maja 1952 Zgromadzenie Sędziów NSW odrzuciło jego prośbę rewizyjną. 19 listopada tr. prezydent RP Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski, lecz 10 grudnia na wniosek płk. Antoniego Skulbaszewskiego, zarządził wstrzymanie wykonania wyroku, by móc wykorzystać jego wymuszone zeznania w innych procesach. 25 stycznia 1954 przewodniczący Rady Państwa, Aleksander Zawadzki na wniosek gen. bryg. Stanisława Zarakowskiego, zastosował wobec niego prawo łaski. Ta decyzja uchroniła mu życie, lecz nie mogła zapobiec katastrofalnemu pogorszeniu stanu zdrowia, niewydolności naczyń wieńcowych serca i reumatoidalnemu zapaleniu stawów. 6 kwietnia 1956 Naczelna Prokuratura Wojskowa umorzyła prowadzone wobec niego postępowanie z braków dowodów winyJerzy Poksiński, „TUN” ... s. 150–153.. Jako świadek oskarżenia wystąpił w procesach generałów Józefa Kuropieski i Eugeniusza LuśniakaJerzy Poksiński, „TUN” ... s. 181, 184.. Po rehabilitacji okres pozostawania w areszcie zaliczono mu do przebiegu służby wojskowej.