W wyniku pożaru, który miał miejsce 25 maja 1338 roku kościół uległ całkowitemu spaleniu. W latach 1362–1386 kościół odbudowano i przekształcono w trójnawową bazylikę. Około 1417 roku wybudowano podwójną kaplicę ufundowaną przez cech sukienników. W latach 1450–1468 została rozbudowana bryła kościoła przez proboszcza i kanonika Martina Cromera poprzez dobudowanie chóru. Za panowania Fryderyka I Legnickiego podniesiono południową wieżę, do której dobudowano ośmioboczne zwieńczenie z balustradą oraz hełmem. Odtąd kościół miał dwie wieże o różnej wysokości i kształcie. thumb|left|Loża książęca oraz rzeźba barokowa z 1771 roku przedstawiająca Mojżesza W czasie wojen napoleońskich w 1813 roku wojska francuskie urządziły w kościele szpital, co spowodowało duże zniszczenie wnętrza kościoła. Po odnowieniu kościół ponownie poświęcono w 1815 roku.
11 marca 1822 kościół spłonął w wyniku uderzenia pioruna. W latach 1824–1829 został odbudowany. W tym okresie przekształcono go ponownie w budynek halowy ze sklepieniem krzyżowo-żebrowym na gurtach, zbudowano empory boczne, a także z zachodniej strony dwie nowe wieże o jednakowej wysokości.
29 sierpnia 1890 roku kościół odwiedził i opisał Stanisław Wyspiański.