Pyton żółtogłowy ma wąską głowę o małych oczach. Szerokie spłaszczone ciało zwęża się ku cienkiemu koniuszkowi ogona. Skórę pokrywają niewielkie gładkie łuski. Na grzbiecie pośrodku ciała układają się w 50-65 rzędów, na brzuchu występuje 280–315 łusek. Występuje niepodzielona łuska analna i 40–45 zwykle pojedynczych łusek subkaudalnych (na spodniej stronie ogona). Część spośród położonych z tyłu łusek subkaudalnych może dzielić się nieregularnie.
thumb|left Wąż jest koloru od bladobrązowego do prawie czarnego. W deseniu spotyka się barwę oliwkową, odcienie pomarańczu, różu i czerwieni otoczone ciemniejszym prążkowaniem lub moręgowaniem. Brzuch jest kremowy z żółtymi, brązowymi i różowymi plamkami. Łuski okolicy oczu są zwykle ciemniejsze od reszty głowy.
Aspidites nie posiada spotykanych u pytonów dołków zawierających termoreceptory. Opisywany gatunek przypomina z wyglądu Morelia spilota imbricata, nie posiada jednak tak jasnej szyi. Umaszczenie i upodobanie pewnych miejsc są przyczyną mylenia pytona żółtogłowego z jadowitym wężem Pseudonaja nuchalis.