Uprawnienia, jakie posiadał, miały związek również z później wydaną z Ustawą z 6 maja 1945 roku o majątkach opuszczonych i porzuconych. Pierwsze dotyczyło majątków prywatnych - de facto nie tyle porzuconych co odebranych ziemianom polskim, którzy w nowym ustroju nie mogli już do nich powrócić. Drugie zaś dotyczyło majątków niemieckich, w tym zarówno zagrabionych Polakom w 1939, jak i należących kiedyś do Niemców, którzy po zmianie granic znalazły się na terenie Polski. Oznaczało to niezwykle intensywną pracę, nieustanne podróże, znajdowanie i zabezpieczanie zbiorów narażonych na zniszczenie, w tym ratowanie przed szabrownictwem czy to ludności czy wojsk sowieckich. Doceniany za te wysiłki, Aleksander Birkenmajer zapragnął jednak powrócić do rodzinnego Krakowa, gdzie objął stanowisko Dyrektora Biblioteki Jagiellońskiej w 1947, pozostając tam do 1951.
Na zlecenie Ministerstwa Oświaty przeprowadził w 1949 roku pierwszą w swojej karierze bibliotekarskiej wizytację Biblioteki Uniwersyteckiej oraz Zbiornicy Księgozbiorów Zabezpieczonych we Wrocławiu. W instytucjach znajdowały się poddane ochronie materiały biblioteczne.