Cmentarz przy ul. Cechowej został odnotowany po raz pierwszy w wizytacji parafialnej w 1781 r. Był to drugi cmentarz parafii św. Mikołaja, założony zgodnie z nowym zwyczajem tworzenia cmentarzy za miastem. W 1781 r. nikt jeszcze nie był na nim pochowany. Pochówki rozpoczęły się po likwidacji starego cmentarza przykościelnego w pierwszym dziesięcioleciu XIX wieku. Do końca lat 20. XX w. był to główny katolicki cmentarz dla mieszkańców Fordonu i okolic.
Kościół św. Jana został wzniesiony w latach 1878–1879 dla fordońskiej gminy ewangelickiej, która posiadała również swój cmentarz, położony na wschód od obecnego. Został on zdewastowany po II wojnie światowej, a do dziś zachował się tylko jeden nagrobek (należący do Pauliny Schwarz z domu Heise (1853–1932), z zatartą inskrypcją). 17 września 2017 odsłonięto tu lapidarium upamiętniające nekropolię ewangelickąMałgorzata Czajkowska Lapidarium upamiętniło cmentarz fordońskich ewangelików. Niektórych zmarłych z tego cmentarza ekshumowano i pochowano na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Bydgoszczy. Rekordowo niski poziom Wisły w czasie letniej suszy 2015 pozwolił odkryć kolejne nagrobki z tego cmentarza, które po 1945 posłużyły do umacniania nadbrzeży. Najstarszy nagrobek znaleziony w Wiśle pochodzi z 1894 rokuWojciech Bielawa Wisła ma teraz niecały metr głębokości.