Ogłosił amnestię dla przywódców powstań antyrządowych; dokonano kolejnych zmian w wojsku: szef sztabu generalnego, gen. Francisco Franco został przeniesiony na Wyspy Kanaryjskie, dowódca lotnictwa gen. Fanjulo – na Baleary, a dowódcę wojsk hiszpańskich w Maroku gen. Emilio Molę ściągnięto do Pampeluny. W kwietniu 1936 Front Ludowy usunął z prezydentury Alcalá-Zamorę, motywując to niepotrzebnym (drugim w czasie sprawowania urzędu) rozwiązaniem Kortezów (nota bene: dzięki temu FL mógł wcześniej przejąć władzę). 10 maja 1936 Azaña został wybrany prezydentem Hiszpanii. Przez pierwsze miesiące rządów FL Azaña pozostawał bezczynny wobec nasilających się ataków na Kościół katolicki czy napadów terrorystycznych bojówek. Po wybuchu wojny domowej aby zażegnać konflikt i powstrzymać rozlew krwi zabiegał o międzynarodową mediację. 5 lutego 1939 uciekł do Francji i przebywał w ambasadzie hiszpańskiej w Paryżu, próbując zachować resztę władzy. Wobec uznania rządu gen. Franco przez Francję i Wielką Brytanię Azaña podał się do dymisji.