Wieś politycznie znajdowała się wówczas w granicach utworzonego w 1290 piastowskiego (polskiego) Księstwa Cieszyńskiego, będącego od 1327 lennem Królestwa Czech, a od 1526 roku w wyniku objęcia tronu czeskiego przez Habsburgów wraz z regionem aż do 1918 roku w monarchii Habsburgów (potocznie Austrii).
Początkowo dzisiejsze tereny Marklowic Górnych stanowiły fragment wsi Marklowice, z której w XVII w. wyodrębniły się dwie miejscowości Marklowice Górne i Marklowice Dolne, administracyjnie połączone ponownie w jedną gminę pod koniec XIX w. Na początku XVIII w. jej właścicielem był Jan Adam z rodu Bludowskich, a w 1748 Ernest Leberecht Bludowski dzięki ożenkowi z Elżbietą Konstancją Marklowską. W tym czasie znajdował się tu zamek, folwark, browar i punkt celny. W lutym 1811 roku wybuchł tu bunt chłopski przeciwko utrzymywaniu pańszczyzny. Chłopi wymierzyli karę 50 pałek panu von MinnigerodeDariusz Zalega „Zmowa Tworkowska”, Le Monde Diplomatique 1/119/2016.