11 lipca 1704 roku wypłynął do Chin, przybywając 2 kwietnia 1705 do Makau, a 4 grudnia 1705 do Pekinu. Początkowo cesarz Kangxi przyjął go serdecznie, ale słysząc, że misją legata jest zniesienie chińskich obrzędów wśród rodzimych chrześcijan zażądał od wszystkich misjonarzy, pod groźbą natychmiastowego wydalenia z kraju, złożenia obietnicy utrzymania tych obrzędów. Tymczasem 20 listopada 1704 Święte Oficjum wydało w Rzymie dekret przeciwstawiający się stosowaniu rodzimych obrzędów. 25 stycznia 1707 de Tournon wydał w Nankinie dekret zobowiązujący misjonarzy pod rygorem ekskomuniki do zniesienia tych obrzędów. Decyzja ta spotkała się z ostrym sprzeciwem biskupa Makau João de Casala oraz gubernatora prowincji, a także jezuitów. Po stronie legata opowiedzieli się dominikanie i augustianie. Dekret de Tournona odebrany został jako godzący w chińskie obyczaje i kulturę. Z tego powodu cesarz uwięził de Tournona w Makau oraz, na znak protestu przeciwko dekretowi, wysłał część jezuickich misjonarzy do Rzymu. Będąc w więzieniu de Tournon otrzymał informację od Teodorica Pedriniego o nominacji kardynalskiej (konsystorz z 1 sierpnia 1707).