W 1990 obie drużyny połączyli się i jako RAF Jelgava debiutował w Bałtyckiej Lidze, w której zajął 8. miejsce z 17 klubów. W 1991 klub ostatni raz uczestniczył w rozgrywkach byłego ZSRR - we Wtoroj Niższej Lidze.
W 1992 klub debiutował w rozgrywkach Virslidze. W 1996 w związku z problemami finansowymi Fabryki Autobusowej klub uzyskał nowego sponsora Uniwersytet Łotewski i przeniósł się do Rygi. Na początku sezonu występował pod nazwą RAF Rīga, a po zakończeniu sezonu nazywał się Universitāte Rīga. W sezonie 1997 klub zajął 6. miejsce ale przez problemy finansowe sezon 1998 rozpoczął w Pirma liga (II liga), a po zakończeniu sezonu został rozwiązany.
Dopiero w 2001 klub został reaktywowany jako RAF Jelgava i ponownie startował w rozgrywkach Pirma liga. Po zakończeniu sezonu 2003 odbyła się fuzja z innym klubem z Jelgavy - FK Viola, w wyniku czego powstał klub FK Jelgava. W 2009 klub zajął 1.