Powrót do Holandii i kontynuacja nauki Wobec rosnącego zagrożenia wybuchu II wojny światowej, van Heemstra – będąc przekonaną, że jej ojczyzna pozostanie neutralna jak podczas I wojny światowej; . – wystąpiła o zezwolenie na pobyt córki w Holandii. Pozwolenie uzyskała 14 września. Hepburn została wysłana, na polecenie matki, przez opiekunkę Mary Butcher pociągiem z Folkestone do Londynu, skąd ojciec odwiózł ją na lotnisko. Stamtąd odleciała jednym z ostatnich samolotów do Holandii; .. Również we wrześniu van Heemstra uzyskała dokumenty potwierdzające rozwód z Rustonem.
Powróciwszy do Holandii, zamieszkała z matką i przyrodnimi braćmi w Arnhem. By mieć pieniądze na utrzymanie rodziny, van Heemstra pracowała dla firmy H. Pander & Zonen z Hagi. Chcąc przystosować córkę do „bycia Holenderką”, posłała ją do piątej klasy w szkole numer 21A, Tamboersboje, gdzie była początkowo prześladowana przez rówieśników z uwagi na swój akcent i słabą znajomość języka niderlandzkiego. Do szkoły uczęszczała jako Edda van Heemstra. Problem z przystosowaniem w placówce edukacyjnej spowodował, że matka zapisała ją do szkółki niedzielnej przy kościele Stowarzyszenia Chrześcijańskiej Nauki w Arnhem, do której chodziła grupka anglojęzycznych dzieci.