20 czerwca 2003 Jimmy Wales ogłosił decyzję o założeniu fundacji utrzymującej Wikipedię i Nupedię (prekursorkę Wikipedii). Siedzibą Fundacji został St. Petersburg na Florydzie. Nazwa Wikimedia jest złożeniem słów „wiki” i „media” (ten drugi człon w znaczeniu, jakie ma w liczbie mnogiej). Została wymyślona przez Sheldona Ramptona w marcu 2003 jako nazwa zbiorcza różnych serwisów internetowych, które w sposób „wiki” miałyby gromadzić zbiory różnego rodzaju – encyklopedie, wiadomości, książki, muzykę czy wideo.
W 2005 roku Fundacja uzyskała status status publicznej organizacji charytatywnej, określony w artykule 501(c)(3) amerykańskiego kodeksu podatkowego. Dzięki temu darowizny na rzecz Fundacji można odliczyć od federalnego podatku dochodowego.
25 września 2007 rada powiernicza Fundacji postanowiła, że nową siedzibą będzie San Francisco. Decyzję tę uzasadniono usytuowaniem podobnych organizacji, potencjalnych partnerów, wyspecjalizowanym rynkiem pracy oraz lepszą i tańszą komunikacją międzynarodową (szczególnie z krajami azjatyckimi).