W listopadzie 1806 r. na ziemie powiatu gostynińskiego wkroczyły wojska napoleońskie. Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego i kolejnych zmianach administracyjnych prefektem powiatu gostynińskiego został Teodor Dembowski - właściciel dóbr Pacyna. Po klęsce Napoleona w 1813 r. ziemie, na których znajdowała się Pacyna, zostały zajęte przez Rosjan.
Pacyna znalazła się w granicach utworzonego w 1815 r. Królestwa Polskiego. W 1825 r. miejscowość liczyła 341 mieszkańców, zaś w roku 1885 Pacynę zamieszkiwały 462 osoby. W 1873 roku dobra Pacyny składały się z folwarków: Model, Kamionka, Lękowiec oraz wsi Pacyna. Siedzibą dóbr była Pacyna. W skład majątku wchodziły m.in.: gorzelnia, dwa wiatraki, cukrownia oraz złoża torfowe. Miejscowość w tym czasie przynależała do powiatu gostynińskiego, Sądu w Sannikach oraz poczty w Gąbinie. W okresie między powstaniem listopadowym a styczniowym majątek Pacyna należał do przodujących w Królestwie - słynął z hodowli bydła i koni. W październiku 1861 r. namiestnik Królestwa Polskiego hrabia Karol Lambert wprowadził nowy podział administracyjny. Pacyna znalazła się w granicach powiatu gostynińskiego, w okręgu kaliskim, guberni warszawskiej. W czasie trwania powstania styczniowego nie doszło do walk na terenie samej Pacyny. Źródła informują o walce pod wsią Słup 3 sierpnia 1863 r.