W 1637 roku został posłem na sejm z ziemi wileńskiej. W 1639 roku doszło do zamieszek w Wilnie pomiędzy kalwinistami a katolikami. W 1640 ponownie doszło do zamieszek w trakcie pogrzebu. Obie sprawy omawiane były na sejmach. W 1640 roku Janusz ponownie był posłem na sejmie, skąd chciano go wykreślić za udział w zamieszkachEdward Kotłubaj, s. 61–64..
W 1640 r.zmarł ojciec Janusza Krzysztof Radziwiłł. Janusz przejął jego obowiązki jako głowy rodziny oraz przywódcy różnowierców na LitwieHenryk Wisner Janusz Radziwiłł 1612–1655, Wydawnictwo MADA, Warszawa 2000..
Działalność polityczno-wojskowa W 1644 roku pomógł zorganizować ewangelicki synod generalny w Orli na Podlasiu w roku 1644, gdzie ewangelicy szykowali się do rozmów na zjazd teologów w Toruniu w 1645 rokuEdward Kotłubaj, s. 77..
Był posłem na sejm 1646 rokuVolumina Legum, t. IV, Petersburg 1860, s. 46.. W 1646 roku został wybrany starostą żmudzkim. Tym samym został senatorem Rzeczypospolitej. Także w 1646 roku został hetmanem polnym litewskim. De facto dowodził całym wojskiem litewskim w zastępstwie starego hetmana wielkiego Janusza Kiszki.