W 2007 został ponownie wybrany na prezydenta.
Prezydentura Po śmierci ojca Hafiza al-Asada w 2000 roku Baszszar został przywódcą Partii Baas i armii. Wybrany na prezydenta w wyniku przeprowadzonego referendum (był jedynym kandydatem) otrzymał wg oficjalnych danych 99,7% głosów przy frekwencji 94,6%. W związku z wyborem na prezydenta Madżlis asz-Szab (parlament syryjski) obniżył minimalny wiek dla kandydata na prezydenta z 40 na 34 lata (wiek Asada, kiedy został wybrany), po wyborze Asad otrzymał także stopień generała. 27 maja 2007 roku Baszszar został ponownie wybrany jako prezydent na kolejną kadencję siedmiu lat, z oficjalnym wynikiem 97,6% głosów w referendum (brak innego kandydata).
W swojej polityce wewnętrznej znany był z lekceważenia praw człowieka, częstych zaburzeń gospodarczych spowodowanych nakładanymi sankcjami i wszechobecnej korupcji. Po wyborze na prezydenta miał przyjąć bardziej liberalne podejście niż jego ojciec. W jednym z wywiadów stwierdził, że widzi demokrację w Syrii jako „narzędzie dla lepszego jutra”.
W swojej polityce zagranicznej al-Asad był zdeklarowanym krytykiem Stanów Zjednoczonych i Izraela.