Około 1915 p.n.e. faraon Senuseret I z XII dynastii opanował tereny Nubii, wznosząc fortece w Buhen, Anibie, Semnie i Kummie. Około 1826 p.n.e. Senuseret III podjął nieskuteczną próbę zajęcia nubijskiej wyspy na Nilu – Saï i wycofał się do Semny. Tereny na południe od II katarakty nazwał Kuszem a ich mieszkańcom – Kuszytom – zakazał przejścia na północ od Semny z wyjątkiem handlu w Iken.
Nubia utraciła ostatecznie niezależność ok. 1500 p.n.e. na rzecz Nowego Państwa, kiedy to została podbita przez faraonów XVIII dynastii, m.in. przez wojska Totmesa III. Nubią administrowali przez kolejne 500 lat zarządcy z Egiptu, którzy nosili tytuł „Syn Króla Kusz”. Nubia płaciła wówczas Egiptowi wysokie podatki, dostarczała niewolników i poborowych do wojska.
Królestwo Kusz
W XI wieku p.n.e. Nubia odzyskała niepodległość, kiedy Egipt stracił na znaczeniu pod koniec Nowego Państwa. Zarządcy Kusz wspierani przez armie nubijską zerwali z Egiptem i stali się władcami samodzielnymi i od nich wywodzili się królowie Kusz. Powstało wtedy samodzielne królestwo Kuszytów ze stolicą w Napacie, którą ustanowił pierwszy potwierdzony w źródłach historycznych król Kusz – Alara (ok. 780–760 p.n.e.).