10 kwietnia 1865, tuż przed ostateczną klęską bitwy pod Appomattox, Gardner wykonał ostatni portret Lincolna. Cztery dni później prezydent został zastrzelony, a Gardner sfotografował jego ciało. Wykonał także zdjęcia autorów zamachu na Lincolna (m.in. Lewisa Payne’a), oczekujących na wyrok. 7 lipca, z balkonu wychodzącego na więzienny dziedziniec, wykonał cykl zdjęć przedstawiających ich egzekucję.
W 1866 Gardner wydał album ze zdjęciami z wojny pt. Gardner’s Photographic Sketch Book of the War, w którym każde zdjęcie było opisane i podpisane nazwiskiem autoraAntietam, Maryland. Allan Pinkerton, President Lincoln, and Major General John A. McClernand: Another View - World Digital Library na www.wdl.org (ang.) (dostęp 2017-11-21). Ze względu na wysokie koszty publikacja ta okazała się finansową porażką, ale nie przeszkodziło to Gardnerowi w kontynuowaniu kariery fotograficznej. W 1867 robił zdjęcia powstającej linii kolejowej w stanie Kansas; wydał je rok później w zbiorze Across the Continent on the Kansas Pacific Railroad.