Wojna secesyjna W roku 1861, gdy stan Missisipi wystąpił z Unii, Adams został mianowany komisarzem Missisipi na obszar Luizjany. Był na tyle skuteczny, że Luizjana również wystąpiła z Unii. W lutym tegoż roku powołano do życia w Montgomery w stanie Alabama Skonfederowane Stany Ameryki. Prezydent Jefferson Davis zaoferował Adamsowi stanowisko Generalnego Poczmistrza Konfederacji, ale ten odmówił.
Po uregulowaniu swych bankowych interesów, sformował własnym kosztem regiment kawalerii „Wirt Adams” i wstąpił wraz z nim w sierpniu 1861 roku do Armii Konfederacji w Memphis, w stanie Tennessee. We wrześniu został skierowany do Columbus w stanie Kentucky, a następnie, w październiku, do kwatery generała Alberta Johnstona w Bowling Green. Tam rozpoczął swój szlak bojowy idąc w straży tylnej podczas odwrotu Konfederatów z Kentucky do Nashville w Tennessee, a później do miejscowości Corinth w Missisipi. Następnie, podczas bitwy pod Shiloh, jego oddział został skierowany na skrajne prawe skrzydło piechoty i walczył wraz z nią o utrzymanie brodu na rzece Tennessee. W czasie oblężenia Corinthu pełnił służbę patrolową. Później, cztery szwadrony regimentu atakowały i szarpały oddziały Unionistów maszerujące w kierunku Booneville w MissisipiC.G.Hearn, s.