Powołano podkomisariaty w Bytomiu (jego przewodniczącym był adwokat Kazimierz Czapla) i Gdańsku. Początkowo NRL popierała pokojowe przejęcie ziem zaboru pruskiego przez odradzające się państwo polskie, jednak wybuch powstania wielkopolskiego wymusił zmianę stanowiska i przejęcie kontroli cywilnej i wojskowej nad wyzwolonymi ziemiami. Po zakończeniu powstania uzgodniono stopniowe włączanie Wielkopolski w ramy odrodzonego państwa. W tym celu, zgodnie z ustawą Sejmu Ustawodawczego, 12 sierpnia 1919 powołano Ministerstwo byłej Dzielnicy Pruskiej, na czele którego stanął Władysław Seyda. Następnie 19 sierpnia NRL uległa samorozwiązaniu. Komisariat rozwiązał się tego samego dnia. Zakończyło to proces przejmowania władzy w Wielkopolsce przez Rząd RP.
Naczelna Rada Ludowa nie została rozwiązana na Górnym Śląsku. Po zakończeniu III powstania śląskiego do maja 1922 w NRL pracował prawnik Paweł Kempka, który w tym czasie zorganizował struktury następujących wydziałów tworzonego Śląskiego Urzędu Wojewódzkiego w Katowicach: Samorządnego, Robót Publicznych oraz Bezpieczeństwa Publicznego.
Z ramienia Komisariatu Naczelnej Rady Ludowej, dwukrotnie reprezentował Polskę na konferencji pokojowej w Paryżu Józef Rymer.