Pałac zbudowano na miejscu starego, parterowego dworu z przełomu XVII i XVIII wieku i był on uważany za jeden z piękniejszych na Mińszczyźnie. Emeryk Czapski umieścił tu swoją ogromną kolekcję: liczącą 20 000 woluminów bibliotekę, galerię obrazów i zbiór numizmatyczny. Kolekcja była powszechnie uważana za skarb narodowy. Część zbiorów była przechowywana w tak zwanym Skarbczyku na terenie rezydencji. Przy pałacu znajdowała się murowana kaplica dworska (parafii w Kojdanowie). Na przełomie lat 1894–95, tuż przed śmiercią, Emeryk Hutten-Czapski przeniósł najcenniejsze zbiory kolekcji do Krakowa, a w roku 1903 żona, Elżbieta z Meiendorffów, i synowie Karol Hutten-Czapski oraz Jerzy Hutten-Czapski przekazali kolekcję wraz z budynkiem mieszczącym zbiory jako dar dla miasta Krakowa pod nazwą „Muzeum imienia hrabiego Emeryka Czapskiego”. Obecnie wchodzi w skład Muzeum Narodowego w Krakowie. Po śmierci Emeryka majątek w Stańkowie podzielono między dwóch synów na klucz stańkowski (otrzymał go starszy Karol) i klucz przyłucki. Karol Czapski założył w Stańkowie bezpłatny szpital chorób zakaźnych dla ludności swych majątków. Po traktacie ryskim Stańków znalazł się na obszarze ZSRR. Od 1921 roku w pałacu w Stańkowie mieściła się szkoła. W latach 30. XX wieku na terenie rezydencji kręcono radziecki film o Puszkinie.