Opozycja oskarżała prezydenta o korupcję, nepotyzm i tłumienie niezależnych mediów. W 2010 prezydent mianował swojego syna Maksima szefem rządowej Agencji Rozwoju, Inwestycji i Innowacji, kontrolującej środki finansowe napływające do kraju z zagranicy. Brat Bakijewa, Żanysz, sprawował kontrolę nad wojskiem, policją i służbami bezpieczeństwa. Zdaniem moskiewskiego think tanku prezydent obsadził najważniejsze stanowiska w państwie krewnymi lub wiernymi mu ludźmi. Kirgistan w 2009 znajdował się na 162. miejscu (na 180 sklasyfikowanych państw) w rankingu najbardziej skorumpowanych państw świata Transparency International.
W lipcu 2009 OBWE wezwała Kirgistan do powstrzymania fali ataków na dziennikarzy, do jakich dochodziło w tym kraju w ciągu kilku miesięcy poprzedzających wybory prezydenckie. Stwierdziła ona, że ataki te zagrażały mediom i pluralizmowi. Na początku lipca 2009 w wyniku pobicia przez funkcjonariusza policji zmarł jeden z dziennikarzy, Ałmaz Taszijew. Zdaniem władz była to prywatna bójka, a oficer nie był wówczas na służbie. W grudniu 2009 w Ałmaty w sąsiednim Kazachstanie zamordowany został kirgiski dziennikarz i znany krytyk prezydenta Bakijewa, Giennadij Pawluk, który planował założenie nowej opozycyjnej gazety. Został on wypchnięty z 6.