Podczas powstania warszawskiego położenie klasztoru umożliwiało łączność między Starówką a Rybakami i na prośbę powstańców o otwarcie bram klasztoru ówczesna przeorysza, Matka Janina Byszewska otworzyła nieprzerwaną od początku istnienia klasztoru klauzurę. Już w pierwszych dniach powstania warszawskiego siostry Sakramentki udzieliły też schronienia ludności cywilnej uciekającej przed prześladowaniami Niemców, w tym mieszkańcom Woli ocalałym z masakry Woli.
31 sierpnia 1944 na skutek bombardowania przez niemieckie lotnictwo zniszczone zostały całkowicie klasztor ss. Sakramentek i kościół. Pod gruzami zginęły 34 siostry zakonne, przebywający w podziemiach 4 księża i około 1000 osób cywilnych, w tym dzieci, którym ss. Sakramentki udzieliły schronienia. 2 września 1944 roku Niemcy powtórnie zbombardowali kościół całkowicie rujnując ten historyczny zabytek.
31 sierpnia 1954 r. odbył się pogrzeb sióstr, które poniosły śmierć w czasie niemieckiego bombardowania. Uroczystość miała miejsce w krypcie pod kościołem, gdzie zginęły. Przy życiu pozostało jedynie 9 zakonnic, które po tym wydarzeniu przebywały w opactwie w Staniątkach. Pragnęły one jednak wrócić i zacząć odbudowę klasztoru. Pod koniec 1946 r. stało się to już możliwe. Zaczęła zwiększać się liczba powołań.