Te zaś należą do systemu górskiego Tienszanu (z zachodnią częścią Kotliny Fergańskiej), a także do łańcucha gór Hisaro-Ałaju, który niekiedy jest zaliczany do Tienszanu. Trzecim systemem górskim, do którego należą góry Tadżykistanu, jest Pamir.
Budowa geologiczna kraju jest bardzo urozmaicona. Północna część kraju tak zwana "część kuramińska" jest zbudowana z dolnopaleozoicznych łupków i osadów węglowych, oraz z górnopaleozoicznych osadów wulkanicznych. Część kuramińska została uformowana w czasie kaledońskich i hercyńskich ruchów górotwórczych. Kotlina Fergańska powstała w wyniku silnych ruchów tektonicznych jakie zachodziły w erach od neogenu do holocenu. Górski region Hisaro-Ałaju został wydźwignięty w środkowym karbonie i jest podzielony na strefy strukturalne: hisaro-karategińska, zerawszańsko-hisarska i turkiestańsko-ałajska. W każdej z tych stref należących do gór Hisaro-Ałaju w epoce mezozoiku i kenozoiku gromadziły się osady, które w orogenezie alpejskiej uległy przemieszczeniu. Pamir jest obszarem górskim posiadającym zróżnicowaną budowę geologiczną. W północnym Pamirze występują utwory prekambryjskie i ze środkowego i górnego paleozoiku. Południowa i wschodnia część Pamiru tworzy osady pochodzące z permu i triasu. Południowo-zachodni Pamir to obszar w przeważającej części zbudowany z łupków krystalicznych.