Trenerem zespołu z Zabrza był do marca 2000 roku, kiedy po nieudanym początku rundy wiosennej sezonu 1999/2000 został zdymisjonowany. Następnie przez krótki czas był trenerem Widzewa Łódź, Ruchu Chorzów i Ruchu Radzionków.
W sezonie 2002/2003 był trenerem GKS-u Katowice, którego doprowadził do zajęcia 3. miejsca w tabeli ligowej. Po tym sezonie zrezygnował z funkcji trenera GieKSy. Po pięciu kolejkach sezonu 2003/2004 wrócił na Bukową, lecz z powodu słabych wyników w kwietniu 2004 roku został zwolniony. Następnie prowadził Podbeskidzie Bielsko-Biała (2004-2005), Polonię Warszawa (2006) i Śląsk Wrocław (2006-2007). W sezonie 2008/2009 wrócił do GKS-u KatowiceJan Żurek trenerem GKS-u Katowice, jednak we wrześniu tego roku został zwolniony z powodu słabych wynikówJan Żurek zwolniony z GKS Katowice.
20 października 2009 roku wrócił do Górnika Zabrze jako skautJan Żurek wraca do Górnika. W latach 2010–2012 Jan Żurek trenował Iskrę PszczynaJan Żurek znalazł nową pracęJan Żurek rozstał się z Iskrą Pszczyna. Od 29 listopada 2012 roku był trenerem LZS PiotrówkaJan Żurek nowym trenerem LZS Piotrówka.
W latach 2013–2014 był trenerem GKS Tychy, natomiast wiosną 2015 roku szkolił Polonię Łaziska Górne.