W latach 1484–1571 kościół św. Jakuba miał status kolegiaty katedralnej chociaż nigdy nie stał się katedrą. Nominacja na kolegiatę, którą w 1484 wystawił papież Innocenty VIII, wywołała krwawy konflikt, który przeszedł do historii pod nazwą „Domfehde”. Interesy miasta mocno kolidowały wówczas z interesami panów meklemburskich. Mieszczaństwo Rostocku zawiązało spisek przeciwko oligarchom z rady miejskiej i kurii książęcej, w tym księciu Magnusowi II, który poparł papieską nominację chcąc ograniczyć autonomię miasta. Uzbrojone mieszczaństwo początkowo odnosiło sukcesy w starciu z oligarchami – 12 stycznia 1484, podczas procesji konsekracyjnej, został zamordowany proboszcz nowo mianowanej kolegiaty, Thomas Rode. Obecni podczas procesji książęta musieli uciekać. W konsekwencji tych wydarzeń Rostock został już w 1487 obłożony kościelną anatemą przez Johannesa von Parkentina, biskupa Ratzeburga przez co rostocki uniwersytet (zał. w 1419) musiał opuścić mury miasta i znaleźć tymczasowe schronienie w Lubece;