Przez ich ściany organizm wężowidła opuszczają produkty przemiany materii gromadzone przez amebocyty celomy.

Układ pokarmowy thumb|left|Otwór gębowy Ophioderma longicauda Układ pokarmowy wężowideł określa się jako prosty. Leży w całości w tarczy centralnej, nie sięgając ramion. Pokarm trafia do układu pokarmowego przez aparat żujący. Budują go kompleksy dobrze rozwiniętych płytek w liczbie związanej z liczbą ramion. Wyewoluowały one z płytek ambulakralnych i jako takie wykazują homologię z kręgami ramion. Asystują im mniejsze łuski, zwane papillami. Otwór prowadzący do układu pokarmowego znajduje się po brzusznej stronie ciała. Za nim znajduje się krótki przełyk prowadzący do pokaźnego żołądka, zakończonego ślepo, wyposażonego za to w 10 uchyłków o gruczołowych komórkach wątrobowych w ich ścianach. Sam żołądek wyściela nabłonek urzęsiony. Jelito nie występuje. Nie stwierdza się również odbytu.