W następnych latach Wisła, podobnie jak inne polskie kluby angażowała się w założenie niezależnego od zaborców polskiego związku piłkarskiego. Jednym z symboli tej walki była zmiana błękitnej gwiazdy występującej na koszulkach piłkarzy na białą, żeby barwy klubu symbolizowały biało-czerwone narodowe, polskie barwy.
W 1912 roku Wisła po raz pierwszy wzięła udział w oficjalnych zatwierdzonych przez FIFę polskich rozgrywkach piłkarskich. Były nimi zapasy kwalifikacyjne o I klasę, w których drużyny sklasyfikowane jako II-klasowe walczyły o podniesienie rangi do I-klasy i występ w przyszłorocznych Mistrzostwach Galicji. Rozgrywek nie dokończono, a wyniki zostały anulowane. Wisła pomimo liderowania w tabeli rozgrywek w momencie ich przerwania dopiero decyzją związku została awansowana do rangi I-klasy i zapewniła sobie grę w pierwszych, historycznych Mistrzostwach Galicji w 1913 roku.
mały|Drużyna Wisły w listopadzie 1913 W 1913 Wisła zagrała we wspomnianych wyżej Mistrzostwach Galicji. Jej rywalami była Cracovia oraz Pogoń Lwów. Rozgrywki wygrała Cracovia, natomiast Wisła zdobyła tytuł wicemistrzowski.