Live!.

W 1991 Thompson nagrał swoją pierwszą solową płytę – A Joyful Noise. Pomimo bardzo dobrych recenzji w kręgach jazzowych album okazał się finansową klapą. W tym samym roku Genesis wydało płytę We Can’t Dance i w 1992 wraz z Thompsonem ruszyli w kolejną trasę. Niedługo potem Genesis zawiesiło działalność. Thompson zdecydował, że przez pewien czas chce odpocząć od koncertów i skupić się na rodzinie. Wskutek tego nie wziął udziału w kolejnej trasie koncertowej Collinsa.

Przez następne lata Thompson grał gościnnie u wielu artystów, wśród których są Neil Diamond, Ron Kenoly, Duane Eddy, John Fogerty, George Duke, Michael McDonald, Steve Hackett, Kirk Whalum, Andy Williams, Denny Jiosa, Donna Summer, Napoleon Murphy Brock i Andrew Oh. W 1993, po odejściu z Genesis Collinsa, chciał dołączyć do zespołu jako perkusista sesyjny, muzycy jednak zdecydowali, że nie chcą w grupie nowych członków poza wokalistą Rayem Wilsonem. Thompson pozostał artystą gościnnym do roku 1996. W 1999 Thompson ponownie współpracował z Collinsem – zagrał wraz z nim serię koncertów promującą film Tarzan.