Pierwszoplanowym zagadnieniem identyfikacji lub projektowania (nowego lub usprawnianego) dowolnego SET jest trafna dekompozycja na składowe podsystemy. Metodologicznie nie jest dopuszczalny podział arbitralny, nie oparty na konsekwentnych kryteriach. AUTOiZ traktuje SET nie jako układ „płaski”, ale jako „przestrzenny”, rozpatrywany z kilku punktów widzenia – jako odrębne, chociaż wzajemnie sprzężone „przekroje” („rzuty”, odzwierciedlenia), w zależności od określonych odrębnych kryteriów dekompozycji. Należy założyć, że takich przekrojów może być wiele, ale dotychczas ustalono tylko cztery kryteria (przekroje i struktury):
Pierwszy przekrój rozpatruje SET jako strukturę wszelkich zachodzących w obiekcie procesów PET: S1 = < Ppod; Ppom; Pinf; R1 >. Drugi przekrój przytacza strukturę wszelkich zasobów uczestniczących w systemie (tworzyw i wytworów [T], zasobów ludzkich [L], zasobów urządzeń i narzędzi [N], zasobów informacyjnych [D] oraz zasobów kapitałowo-finansowych (w postaci salda bilansowego) [F]): S² = < T; L; N; D; F; R² >. Trzeci przekrój odzwierciedla hierarchiczną strukturę wszelkich komórek „organizacyjnych” (podstawowych, pomocniczych i informacyjnych), składających się na SET: S³ = < Kpod; Kpom; Kinf;