Życie prywatne thumb|Grób Przemysława i Anny Podgórskich na warszawskim cmentarzu Powązkowskim Przemysław Podgórski był synem notariusza Ignacego Sylwestra Podgórskiego (1847–1904) i pisarki Wandy z Turskich (1859–1911). Był bratem: Janiny, pierwszej polskiej adwokatki, późniejszej żony Stanisława Jurkiewicza, ministra w kilku rządach II RP. Zbigniewa Szczęsnego Gracjana Podgórskiego (1882– po 1935) – sędziego pokoju Sądu Okręgowego w Warszawie Jadwigi Podgórskiej (1885–1948) – dr chemii Mieczysława Podgórskiego (1884–1917) – lekarza Zdzisława Podgórskiego (1888–1944) – majora Wojska Polskiego (II RP) Witolda Klemensa Michała Podgórskiego (1890–1962) – porucznika Wojska Polskiego (II RP) Zofii Podgórskiej (1894–1894).
W czasie studiów, w 1904 roku ożenił się z Anną Kostecką, również działaczką „Zetu”. Miał z nią córki: Marię (1906–1980), późniejszą żonę Tomasza Piskorskiego i Krystynę Paszkowską-Świeściak (1907–1987) oraz synów: Jana (1910–1919), Witolda (1915–1992) i Jerzego (1922–1943), który zginął w Majdanku.
W 1926 roku Przemysław Podgórski zbudował dom – tzw. Willę Podgórskich na obrzeżach (wtedy) Warszawy przy ul. Powsińskiej w pobliżu kościoła św. Antoniego z Padwy, u zwieńczenia fosy Bernardyńska Woda.