Tymczasem w Bazylei pozostali zbuntowani kardynałowie ogłosili 25 czerwca 1439 roku, Eugeniusza IV heretykiem, z powodu przeniesienia soboru. Zdetronizowali papieża (który wówczas ich ekskomunikował) i wybrali antypapieża – Feliksa V, a wyższość soboru nad papieżem uznali za prawdę wiary. Nowy antypapież nie miał jednak wielu zwolenników, a jedyny sojuszniczy obszar – Neapol – został odebrany przez Eugeniusza, poprzez obietnicę władzy, złożoną Alfonsowi V. Dzięki tym działaniom, papieżowi udało się we wrześniu 1443 powrócić do Rzymu. mały|Grób Eugeniusza IV right|293x293px|thumb|Figura papieża Eugeniusza IV w katedrze Florenckiej

Ostatnie lata Eugeniuszowi IV nie udało się doprowadzić do zakończenia wojny stuletniej, a jego proniemiecka polityka spowodowała, że Karol VII ogłosił tzw. sankcję pragmatyczną – był to zbiór dekretów ograniczających władzę papieża. Jednak dzięki staraniom Eneasza Piccolominiego, Eugeniuszowi udało się w 1445 zawrzeć porozumienie z elektorami niemieckimi i nowym królem Fryderykiem III.