W swoim pierwszym sezonie w nowym klubie rozegrał w sumie 54 oficjalne spotkania, zdobył cztery gole, zaś Athletic doszedł do finałów dwóch rozgrywek, Pucharu Króla oraz Ligi Europy.
26 czerwca 2014 Herrera podpisał czteroletni kontrakt z angielskim Manchesterem United. W Premier League zadebiutował 16 sierpnia 2014 w przegranym 1:2 meczu przeciwko Swansea, w 67 minucie spotkania został zmieniony przez Marouana Fellainiego. Swoją pierwszą bramkę dla Manchesteru United zdobył 14 września 2014 roku w wygranym 4:0 meczu przeciwko QPR. 11 maja 2019 Manchester United za pośrednictwem oficjalnej strony internetowej zakomunikował, że 30 czerwca 2019 Ander Herrera zostanie wolnym piłkarzem. Z kolei 4 lipca 2019 klub Paris Saint-Germain zakomunikowało podpisanie z zawodnikiem pięcioletnią umowę. Do końca 2019 roku w nowym zespole rozegrał 6 ligowych meczów, notując w nich jedną asystę. W sierpniu 2022 został wypożyczony do Athletic Bilbao.