Dzięki śmiałym działaniom komandora Pellewa jego okręt wyszedł cało z bitwy i sztormu.
Edward Pellew dowodził „Indefatigablem” do marca 1799 roku, zastąpiony następnie przez komandora Curzona. Po zawarciu pokoju w Amiens (25 marca 1802 roku) okręt został przeniesiony do rezerwy. Jednak już w następnym roku, w związku ze wzrostem napięcia w stosunkach z Francją, fregatę przywrócono do służby, pod dowództwem komandora Grahama Moore’a. W 1804 roku, dowodząc zespołem czterech okrętów, otrzymał on zadanie przechwycenia okrętów hiszpańskich, wiozących skarby z kolonii w Ameryce do metropolii. Oba zespoły natknęły się na siebie 5 października 1804 roku w rejonie Kadyksu. W bitwie, która się wtedy wywiązała (pomimo że formalnie Wielka Brytania i Hiszpania nie były w stanie wojny), Brytyjczycy zatopili jedną z hiszpańskich fregat i zdobyli trzy pozostałe wraz z przewożonymi na nich kosztownościami, tracąc jedynie dwóch zabitych.
Kolejną akcją, w której wziął udział „Indefatigable” było wsparcie działań komandora Thomasa Cochrane’a, który w nocy 11 kwietnia 1809 roku zaatakował przy pomocy branderów okręty francuskie na kotwicowisku przy Île-d’Aix.