Passa kolejnych zwycięstw została przerwana trzy dni później, kiedy to Nadal uległ Alexandrowi Waske w pierwszej rundzie imprezy w Halle, rozgrywanej na kortach trawiastych. W wielkoszlemowym Wimbledonie dotarł do drugiej rundy, gdzie przegrał z Gilles’em Müllerem. Po porażce we wczesnej fazie londyńskiej imprezy Hiszpan wygrał dwie imprezy na kortach ceglanych: w Båstad oraz w Stuttgarcie.
Cykl imprez w Ameryce Północnej rozpoczął od kolejnego sukcesu – po raz pierwszy w karierze zwyciężył w imprezie rozgrywanej na nawierzchni twardej. W finale imprezy z cyklu ATP Masters Series w Montrealu pokonał Andre Agassiego wynikiem 6:3, 4:6, 6:2. Po tym zwycięstwie Nadal awansował na 2. miejsce w rankingu, które zajmował następnie przez ponad 3 kolejne lata. W rozgrywanym tydzień później turnieju w Cincinnati uległ w pierwszej rundzie Tomášowi Berdychowi. Jest to jedyna impreza rangi ATP Masters Series, w której Nadal nigdy nie dotarł do finału. Podczas wielkoszlemowego US Open Hiszpan dotarł do trzeciej rundy, gdzie w czterech setach przegrał z Jamesem Blakiem.