W XVIII w., z powodu budowy przez Turków bastionu na Akropolu, świątynię całkowicie rozebrano. Odbudowano ją w 1835 r. przy użyciu oryginalnych elementów i materiałów. W latach 1936–1940 dokonano gruntownej naprawy fundamentów, przy okazji ponownie rozbierając i dokładniej niż poprzednio rekonstruując samą świątynięBernhard, s. 458; Parnicki-Pudełko, s. 86..
Renowację świątyni przeprowadzono ponownie w latach 2000–2010, w sposób najdokładniejszy w jej historii, aby naprawić błędy poprzednich konserwacji. Wykorzystano oryginalne fragmenty przez zastosowanie anastylozy będącej metodą konserwacji zabytków. Do uzupełnienia ubytków użyto białego marmuru pentelickiego, pochodzącego z tego samego źródła co w starożytności. Nowością w skali światowej było zastosowanie nieinwazyjnego lasera do czyszczenia marmuru z wielowiekowych zabrudzeń.