„podpalono 16 września 1939 r. trzy bóżnice wraz z ich historycznym wyposażeniem. Władze miejskie w Sanoku zostały opanowane przez Ukraińców, którzy rabowali sklepy żydowskie, rozdając towary ludności ukraińskiej, przyjeżdżającej furmankami ze wsi [w:] M. Wieliczko, Linia demarkacyjna nad Sanem - koncepcja i realizacja. Pogranicze, Studia z dziejów stosunków polsko-ukraińskich w XX wieku, Lublin, 1992, str. 83. Pod koniec października 1939 sto rodzin żydowskich z całego miasta zostało deportowanych za San, do radzieckiej strefy okupacyjnej. W tej grupie większość przeżyła wojnę.
W 1940 Niemcy sfilmowali odbywające się tu ludowe obrzędy JudaszaStefan Stefański: Kartki z przeszłości Sanoka, 2005. „Judasz”..
W 1941 hitlerowcy utworzyli w Sanoku zamknięte getto, w którym więzili około 8000 Żydów z Sanoka i okolicy. Zostali oni zmuszeni m.in. do niewolniczej pracy w kamieniołomach Trepczy dla firmy Kirchhoff, przy rozbudowie obozu jenieckiego w Olchowcach oraz przy naprawach i budowie dróg. Do getta przy współudziale policji żydowskiej zwożono również Żydów z okolicznych wsi. Po zarządzonej na 5 września 1942 akcji wysiedlenia Żydów z Sanoka, wywieziono, m.in. 14 września22 września 1941 wywieziono do Auschwitz z Sanoka pierwszą grupę Żydów. Ogółem do września 1942 przez sanockie getto przewinęło się od 10 000 do 13 000 Żydów.