Przed sezonem 2016/2017 VKP Bratislava stworzyła wspólny zespół z mistrzem Słowacji - VK Bystrina SPU Nitra - pod nazwą VKP Bystrina SPU Nitra. VKP Bystrina SPU Nitra w sezonie 2016/2017 zdobyła tytuł mistrza Słowacji, doszła do finału Pucharu Słowacji oraz zdobyła brązowy medal Pucharu MEVZA. We wrześniu 2017 roku ogłoszono fuzję obu klubów.
VKP Bratislava oraz VK Bystrina SPU Nitra zakończyły współpracę w ramach zespołu VKP Bystrina SPU Nitra po zakończeniu sezonu 2019/2020. VK Bystrina SPU Nitra nie zgłosił się do rozgrywek, natomiast VKP Bratislava odkupił licencję na grę w najwyższej klasie rozgrywkowej od ŠK Komjatice, który zajął 2. miejsce w 1. lidze w sezonie 2019/2020 i uzyskał prawo gry w extralidze.
We wrześniu 2023 roku VKP Bratislava rozpoczął współpracę z Wydziałem Wychowania Fizycznego i Sportu Uniwersytetu Komeńskiego (Fakulta telesnej výchovy a športu Univerzity Komenského, FTVŠ UK), w związku z tym klub występował pod nazwą VKP FTVŠ UK Bratislava.