Po wielu sukcesach i dobrych wynikach w latach 90., w kolejnych latach grał słabiej. Co prawda, w 2001 szkocka drużyna (Stephen Hendry, John Higgins, Alan McManus) ponownie zwyciężyła w finale Pucharze Narodów (powtórka sukcesu z 1996), a w finale LG Cup w 2002 roku McManus przegrał z Chrisem Smallem. Nie odniósł już jednak zwycięstwa w żadnym turnieju rankingowym. Szkot dotarł jeszcze do ćwierćfinału Mistrzostw Świata w 2005 roku oraz półfinału Masters w 2006, mimo to, ponieważ spisywał się słabo w pozostałych turniejach, na koniec sezonu 2005/2006 wypadł z czołowej szesnastki rankingu. Kolejne lata obfitowały w kolejne serie niespodziewanych porażek, i szybkich odpadnięć z turniejów. Coraz słabsza dyspozycja McManusa sięgnęła zenitu w sezonach 2010/2011 oraz 2011/2012, kiedy to Szkot nawet nie zakwalifikował się do żadnego turnieju rankingowego. Skutkiem tego, McManus spadł na 52. pozycję w światowym rankingu i wydawało się, że kariera zwycięzcy Masters dobiega końca.